Основные задачи Узбекского агентства автомобильного и речного транспорта: обеспечение формирования нормативно-правовой базы по организации и совершенствованию автомобильных и речных перевозок; разработка и реализация программ развития автомобильного и речного транспорта с учетом потребностей отраслей экономики и населения в перевозках, координация деятельности общественного автомобильного и речного транспорта; обеспечение благоприятных условий для развития рыночных отношений и конкурентной среды на ринке услуг автомобильного и речного транспорта; проведение единой технической политики в сфере автомобильного и речного транспорта; организация лицензирования перевозок пассажиров и грузов автомобильным и речным транспортом, контроль за исполнением лицензиатами лицензионных требований и условий; организация обучения и повышения кадров на автомобильном и речном транспорте; содействие органам государственной власти и управления на местах, Министерству обороны, и Министерству по чрезвычайным ситуациям Республики Узбекистан в координации деятельности специальных подразделений автомобильного транспорта при мобилизационной обстановке и чрезвычайных обстоятельствах.