Коллегия рассматривает основные вопросы стратегии и прогнозов развития автомобильного и речного транспорта, координации деятельности территориальных отделений Агентства в отраслевых и межреспубликанских связях, определения научно-технической и инвестиционной политики, развития внешнеэкономической деятельности, организации подготовки и переподготовки кадров, разработки нормативно-правовых документов в сфере автомобильного и речного транспорта.
На заседаниях Коллегии рассматриваются и принимаются решения по вопросам расстановки руководящих кадров, входящих в систему Агентства.