Islomshunoslik ilmiy-tadqiqot markazi O`zbekiston Respublikasi Prezidentining 1999 yil 7 apreldagi «Toshkent islom universitetini tashkil etish to`g`risida»gi PF-2282 sonli farmoniga asosan tashkil etilgan. Islom dini va madaniyatini, Vatanimiz tarixi va milliy merosini, qadimiy an`analarini har tomonlama o`rganish, ularga oid mavjud manbalarni ilmiy talablar asosida tadqiq qilish, nashr etish va keng jamoatchilikka etkazish Markazning ustuvor vazifalari hisoblanadi. Bugungi kunda Markazda fan va texnologiyalarni rivojlantirishni muvofiqlashtirish qo`mitasi tomonidan moliyalashtirilayotgan 4 ta fundamental va 6 ta amaliy tadqiqot doirasida ilmiy izlanishlar olib borilmoqda.