Госкомимущество в своей деятельности подотчетно Кабинету Министров Республики Узбекистан.
Госкомимущество руководствуется в своей деятельности Конституцией и законами Республики Узбекистан, решениями Олий Мажлиса, указами и распоряжениями Президента Республики Узбекистан, постановлениями и распоряжениями Кабинета Министров Республики Узбекистан, Положением о Госкомимуществе, а также Постановлением Президента Республики Узбекистан "О мерах по совершенствованию деятельности Госкомимущества Республики Узбекистан".
Госкомимущество осуществляет свою деятельность непосредственно, а также через свои территориальные органы во взаимодействии с государственными органами, органами самоуправления граждан, негосударственными некоммерческими и иными организациями.
Решения Госкомимущества, принятые в пределах его полномочий, являются обязательными для исполнения министерствами, ведомствами, местными органами исполнительной власти, хозяйствующими субъектами, должностными лицами и гражданами.