Государственное предприятие «Центральная геолого-геофизическая экспедиция» создано приказом Государственного комитета Республики Узбекистан по геологии и минеральным ресурсам от 25 января 2007 года №13 в соответствии с Постановлением Президента Республики Узбекистан от 17 января 2007 года №568 «О мерах по коренному совершенствованию организации геологических работ и деятельности Государственного Комитета Республики Узбекистан по геологии и минеральным ресурсам» путем реорганизации ГГП «Самаркандгеология» и выделении его структурного подразделения - Центральной полевой геолого-геофизической экспедиции в самостоятельное государственное предприятие.
Центральная полевая геолого-геофизическая экспедиция была создана в 1999г. путем объединения Центральной поисковой партии и Геофизических партий трех геологоразведочных экспедиций ГГП «Самаркандгеология»: Кызылкумской ГРЭ, Заравшанской ГРЭ и Кашкадарьинской ГРЭ.