Основа РЦСЭ была заложена созданием 30 декабря 1950 года Ташкентской научно-исследовательской криминалистической лаборатории Министерства юстиции Республики Узбекистан, которая начала свою практическую деятельность с 1 июня 1951 года.
По инициативе академика X. Сулаймановой 1 апреля 1958 года на базе лаборатории был основан Ташкентский научно-исследовательский институт судебной экспертизы. Его первым руководителем был Вали Умарович Умаров. Долгие годы институт возглавлял заслуженный деятель науки Республики Узбекистан Борис Ильич Пинхасов.
На сегодняшний день в головных лабораториях и отделах, а также в 10 областных отделениях Центра проводятся исследования по 54 экспертным специальностям, выполняются научные исследования по широкому спектру проблем, активно осуществляется методическая и профилактическая работа. Неустанно ведется работа по организационному совершенствованию экспертной службы, расширению возможностей судебной экспертизы.