Основными направлениями деятельности ассоциации являются: Системное изучение конъюнктуры мирового и внутреннего хлопковых рынков и, исходя из складывающихся на них тенденций, разработка предложений по совершенствованию системы размещения селекционных сортов хлопчатника, объемам и структуре производства хлопка-сырца; Оказание содействия хлопкозаводам в организации производства хлопковой продукции и подготовке посевных семян хлопчатника. Разработка и реализация программ технического перевооружения и реконструкции предприятий отрасли, модернизация производств. Разработка и внедрение техники и технологии подготовки семенного фонда хлопчатника. Совершенствование системы классификации сырья и хлопковой продукции. Обеспечение контроля за соблюдением установленного порядка сортообновления и сорторазмещения хлопчатника. формирование совместно с Министерством экономики РУз и ТАО «Пахтасаноат» балансов производства и поставок хлопковой продукции. Контроль за количеством и качеством заготавливаемого предприятиями хлопка-сырца, производимой хлопковой продукции, соблюдением установленных нормативов выходов хлопковой продукции, угаров и других потерь производства.