В результате многолетней коллекционной работы и многочисленных экспедиций в природу, научным коллективом музея накоплены ценнейшие коллекционные фонды. В музее имеется около 400 тысяч единиц хранения. Из них около 300 тысяч - насекомые, 11 тысяч – гербарных листов, остальные зоологические (позвоночные) и геологические материалы, пользующиеся известностью не только среди учёных Узбекистана, но и во многих научных центрах стран Мирового Содружества.