Министерство здравоохранения Республики Узбекистан является центральным органом государственного управления здравоохранением и в своей деятельности подчиняется Кабинету Министров Республики Узбекистан.Министерство осуществляет свою работу во взаимодействии с другими органами государственного управления, органами исполнительной власти Республики Каракалпакстан, областей, г. Ташкента и общественными организациями.
В своей деятельности Министерство руководствуется Конституцией Республики Узбекистан, законами и иными актами Олий Мажлиса Республики Узбекистан, указами и распоряжениями Президента Республики Узбекистан, постановлениями и распоряжениями Кабинета Министров, иными законодательными актами, а также международными договорами Республики Узбекистан по вопросам здравоохранения. Нормативно-правовые акты Министерства, издаваемые в пределах его компетенции, обязательны для исполнения государственными органами, предприятиями, учреждениями, организациями, независимо от форм собственности, общественными объединениями и физическими лицами.
На территории Республики Узбекистан Министерство здравоохранения Республики Узбекистан, Министерство здравоохранения Республики Каракалпакстан, органы управления здравоохранением областей, города Ташкента, их подразделения в городах и районах составляют единую систему органов управления здравоохранением республики.
Министерство является юридическим лицом, имеет на правах оперативного управления обособленное имущество, самостоятельный баланс, расчетный и иные счета в учреждениях банков, печать с изображением Государственного герба Республики Узбекистан и со своим наименованием.