МКВК, паритетно представляемая пятью Министрами водного хозяйства, или их первыми заместителями, является органом пяти правительств, доверивших Министерствам (Госкомитетам, Департаментам) водного хозяйства непосредственные функции по управлению и развитию водных ресурсов, по поддержанию устойчивости природных и гидроэкологических процессов на трансграничных водах.
Заседания проводятся ежеквартально поочередно в каждом государстве под председательством принимающей стороны.
К числу основных вопросов, рассматриваемых на заседаниях, относятся:
- определение единой водохозяйственной политики и разработка ее основных направлений с учетом интересов населения и отраслей государств;
- рациональное использование водных ресурсов и их охрана; разработка программ по увеличению водообеспеченности бассейнов рек и мер по их реализации;
- утверждение лимитов ежегодного водопотребления для каждого из государств по основным водным источникам, режимов работы крупных водохранилищ;
- управление водораспределением и его корректировка в условиях фактической водности и складывающейся водохозяйственной обстановки.